言語について
Q2 将来システムエンジニアになりたいと思ってますが言語は何から始めるといいですか？
A2 あなたが何をやりたいのかによるでしょう。
しかし、どれか一つオススメを教えて欲しいと言われたら下記の答えになるでしょう。
＜C言語＞
初心者には敷居が高いかもしれません。
C言語は様々な他の言語に影響を与えました。いわばプログラミング言語の基礎的なモノです。コレさえマスターしていると、他の言語の習得は容易なものになるでしょう。
この質問者はまだ中学生ですから、将来に期待ですね。
夢はゲームを作る事ですか？それとも企業でシステムなどの開発を行いたいのでしょうか？
とにかく頑張ってくださいね、応援してます。
Q3 新規システム開発にて、利用する言語（PHPもしくはPERL）はどちらがいいでしょうか？
A3 メリット・デメリットを考慮の上、実現したいシステムを照らしあわせてください。
PHPのメリット
・比較的簡単でコーディングが楽
・mojavaなどのフレームワークが充実している
デメリット
・速度が少し遅いかな
PERLのメリット
・モジュールが充実
・ＨＴＭＬテンプレートが使いやすい
デメリット
・コーディングが適当になりやすい・・後々のメンテナンス時に問題
こーやってみるとそれぞれに特徴があります。
個人的にはパッチなどの処理はPERLが相性がいい気がしますよ。